皮损组织病理显示囊肿为单房，囊壁较厚，类似完整或不甚完整的皮肤结构。最内层为角质层，其余各层为颗粒层、棘细胞层和基底层及真皮层。真皮组织可见有毛囊、皮脂腺、小汗腺和顶泌汗腺等组织。囊腔内可见皮脂、上皮碎屑、毛发和较黏稠液体。卵巢皮样囊肿(囊性畸胎瘤)或腹内播散性皮样囊肿囊腔内包含甲、毛发、软骨或骨成分。囊壁包含皮肤附属器结构如毛囊、小汗腺、大汗腺，偶尔可包含牙齿或神经。