常见是由于真菌感染所致，真菌主要属于接合菌亚门，毛霉纲，毛霉目，毛霉科，偶由毛霉目中的其他科，如被孢霉科、小克银汉霉科、科克霉科、瓶霉科等引起。其中毛霉科中的根霉属、毛霉属、犁头霉属是引起肺毛霉病的最常见的3类真菌，而3类中又以根霉属所致的最为常见，特别是少根根霉和米根霉。