由于病毒性肺炎在临床表现上具有一定的相似性，因而病原学检查尤为重要。CMV的病原学检查可通过以下几方面进行：

①检测CMV包涵体细胞和病毒颗粒：如从患者血、尿、和支气管灌洗液中分离，但存在较高的假阳性，71%～91%的高危移植患者从BAL中虽分离到CMV，但无活动性肺炎证据。也可以将患者各种分泌物标本体外接种于人胚或成纤维细胞中培养后进行分离检测，但一般需要2周至2月时间方能确诊;

②免疫学方法：可通过荧光或酶标抗体对患者和供体分泌物中的CMV抗原进行测定，有利于早期诊断和移植前供体的筛选。也可通过补体结合实验对血清中的抗体进行动态检测，急性期和恢复期双份血清抗体效价呈4倍以上者为阳性;

③分子生物学方法：如PCR技术和核酸杂交，前者主要用于对BAL的检测和动态监测病情，后者常用于对肺组织病理切片的检测，并可以对各种不同亚型的病毒进行区分。