只有由于炎症引起的细胞学改变和单纯病毒感染导致的并且没有明显病灶的CIN才能用药物先按照炎症治疗，并且在治疗后仍需要重复细胞学检查或重复活组织检查以了解宫颈鳞状上皮细胞的转变趋势。因此，目前用于治疗CIN的药物几乎均为干扰素一类，以及部分中药。常用的有干扰素有奥平栓和安达芬栓，至于中药，除了目前常用的一些中成药栓剂之外，尚有许多医家自制的外用药通过研究发现都有很好的疗效。