(一)须先排除乳腺器官内麟状上皮来源的其他肿瘤诊断。乳腺原发性鳞状细胞痛必须首先排除乳头、皮肤及其附属器肿瘤，特别是表皮样囊肿起源的肿瘤。因此，诊断时应充分取材、多切片，显微镜下仔细检查，严格掌握诊断标准。

(二)须排除其他部位麟状细胆癌转移至乳腺的可能绝大部分乳腺癌都是原发性的，很少是转移性的。虽然由其他部位转移至乳腺的恶性肿瘤不多见，但类型甚多，诸如各种恶性淋巴瘤、白血病、恶性黑色素瘤、鳞癌、类癌、肺癌等。因此诊断乳腺原发性鳞状细胞癌时更需谨慎，应全面检查口腔、肺及支气管、食管、等部位。

(三)与其他类型乳腺癌伴鳞状上皮化生相鉴别，乳腺原发性鳞状细胞癌全部或大部分为典型的高分化鳞状细胞癌结构，可伴有少量的导管内癌成分，而后者只是各类乳腺癌内可见程度不同的鳞状上皮化生。值得提出，鳞状上皮化生常呈未分化状，即鳞状上皮细胞呈现恶性特征，应警惕不可诊断为鳞状细胞癌。

(四)与髓样癌相鉴别髓样癌因其细胞常呈扁平多角形，且常伴有鳞状上皮化生，乍看起来十分近似鳞状细胞癌。但仔细观察，鳞状细胞癌有细胞间桥和角化现象，而髓样癌则无。

(五)与原发性黏液表皮样瘤相鉴别乳腺原发性黏液表皮样癌少见，既有肿瘤性鳞状上皮细胞，又有肿瘤性分泌性腺管结构，两种成分以不同比例混合出现。后者这种特殊的病理改变以及阳性PAS染色与鳞状细胞癌可资鉴别。　　

(六)与梭形细胆癌相鉴别WHO乳腺肿瘤的组织学新分类中，二者同属化生性癌。梭形细胞癌成分以梭形细胞为主，似呈双极，核多形性不明显，很少存在核分裂象，细胞排列成束或编织状、波浪状、旋涡状。梭形细胞区周边有非特殊性乳腺癌形态。此型多被诊断为假肉瘤、癌肉瘤、肉瘤样癌等，也有被误诊为乳腺鳞状细胞癌梭形细胞化生者。

表皮角化，肿瘤由鳞状上皮细胞团块所组成，不规则地向真皮内浸润，棘细胞呈瘤性增生，呈条索状或巢状细胞团，边缘以基底细胞层，中心部有角化性癌珠，在癌细胞团内有很多分裂象，周围淋巴细胞和浆细胞浸润。