慢性咳嗽涉及多种病因，不仅与呼吸系统有关，还与鼻咽喉、消化系统有关。引起慢性咳嗽的六大病因为：鼻后滴漏综合症、咳嗽变异性哮喘、胃食道反流、嗜酸粒细胞性支气管炎、慢性咽喉炎、心因性咳嗽。

呼吸道疾病：当鼻咽部至小支气管整个呼吸道粘膜受到刺激时，均可引起咳嗽，如咽喉炎、气管～支气管炎、支气管扩张、支气管哮喘、过敏物质刺激、肺部细菌感染等。

胸膜疾病：如各种原因所致的胸膜炎、胸膜间皮瘤、自发性气胸等。

心血管疾病：二尖瓣狭窄或其它原因所致左心衰竭引起肺淤血或肺水肿时。

中枢神经因素：从大脑皮质传出的冲动传至延髓咳嗽中枢，如脑炎、脑膜炎。