1、中毒性肠麻痹：当原发病为腹泻或败血症时，甚易把NEC误诊为中毒性肠麻痹。但中毒性肠麻痹无便血，X线片上无肠壁间积气等。

2、机械性小肠梗阻：X线腹片上，液面的跨度较大，肠壁较薄，无肠间隙增宽、模糊，无肠壁积气，再结合临床则易区别。

3、肠扭转：肠扭转时机械性肠梗阻症状重，呕吐频繁，腹部X线平片示十二指肠梗阻影像，腹部密度均匀增深，并存在不规则多形气体影，无明显充气扩张的肠曲。

4、先天性巨结肠 ：早期NEC表现为小肠大肠普遍胀气时应与先天性巨结肠鉴别。后者以腹胀、排便困难为主，无血便。X线动态观察腹部变化无肠壁积气征，结合临床较易鉴别

5、新生儿出血症：生后2～5天可以出现胃肠道出血为主表现，需鉴别。新生儿出血症有生后未给予维生素K注射史，腹部不胀，腹部X线平片无肠腔充气和肠壁积气，维生素K治疗有效。

6、胎粪性腹膜炎：个别病例的腹部X线平片偶可见散在小囊泡样肠壁积气影，但可有典型的异常钙化影，再结合临床不难鉴别。

7、自发性胃穿孔：多由于先天性胃壁肌层缺损引起，常发生于胃大弯近贲门处，大部病儿出生时有缺氧史。发病突然，生后3～5天突然进行性腹胀，伴呕吐、呼吸困难和发绀，X线平片腹部仅见气腹，无肠壁积气或肠管胀气。

腹部X线平片对本病诊断有重要意义。早期主要表现为麻痹性肠梗阻：小肠排列紊乱，充气明显，肠腔内可见多个液平，呈阶梯状。病情进展如肠内气体进入肠壁则出现肠壁囊样积气。肠壁间增宽，肠壁局部出现囊泡状或串珠状透亮区，浆膜下积气时可呈现线，弧状或环状透亮区，较重病例因肠内气体进入门静脉可见门静脉充气征：肝脏可见自肝门向肝内沿门静脉走行的条型或树枝状透亮影，严重者可见肠袢固定(肠坏死)气腹(肠穿孔)、和腹腔积液(腹膜炎)。肠壁囊样积气和门静脉充气征为本病的特征性表现。

严重者常伴有重症感染、代谢性酸中毒和(或)呼吸性酸中毒、血小板和中性粒细胞减少、DIC等、因此血气分析，大便潜血及培养、血常规及培养以及DIC筛查和确诊实验室对病情判定均十分重要。

同时具备以下三项者，即可确诊：

1、全身中毒表现：如体温不稳、面色苍白、呼吸不规则和心动过缓等。

2、胃肠道表现：胃潴留、呕吐、肉眼血便、腹胀及肠鸣音消失。

3、腹部X线表现：肠梗阻和肠壁积气。