多是由于粘膜功能等因素出现了异常导致组织发生囊肿样变化。例如，由感染刺激引起的囊肿(如发生于上颌骨的牙周囊肿)，是由牙根感染或损伤后，根尖肉芽组织发生囊肿样变所致。囊肿形态大多为圆形突出皮肤表面为半圆形。一般多位于真皮及皮下组织。因有囊壁包裹故边缘光滑整齐，与周围组织粘连少，故触之光滑有弹性及囊性感其表面皮肤多无炎症，而呈正常皮色。一般发展有限局性不会无限扩大造成局部压迫症状。