原发性脑干损伤往往与脑挫裂伤或颅内出血同时伴发,临床症状相互参错,难以辨明孰轻孰重、何者为主,特别是就诊较迟的病人,更难区别是原发性损伤还是继发性损害。原发性脑干损伤与继发性脑干损伤的区别在于症状体征出现的早晚。
颅内压持续监护亦可鉴别:原发性颅内压不高而继发性则明显升高。同时,CT和MRI也是鉴别诊断的有效手段。在显示脑实质内小出血灶或挫裂伤方面,尤其健康搜索是对胼胝体和脑干的细微损害,MRI明显优于CT。