原发性脑干损伤往往与脑挫裂伤或颅内出血同时伴发，临床症状相互参错，难以辨明孰轻孰重、何者为主，特别是就诊较迟的病人，更难区别是原发性损伤还是继发性损害。原发性脑干损伤与继发性脑干损伤的区别在于症状体征出现的早晚。

颅内压持续监护亦可鉴别：原发性颅内压不高而继发性则明显升高。同时，CT和MRI也是鉴别诊断的有效手段。在显示脑实质内小出血灶或挫裂伤方面，尤其健康搜索是对胼胝体和脑干的细微损害，MRI明显优于CT。