尿道炎首先应与淋病性尿道炎区别，同样有脓性分泌物的症状。淋病性尿道炎是一种特异性感染的性病，尿道有脓性分泌物，脓液涂片染色检查可见在分叶核粒细胞内有革兰氏阴性双球菌。

其次，应与非淋菌性尿道炎及滴虫性尿道炎区别，女性容易在阴道内找到滴虫，而在男性不易找到滴虫，常需在包皮下、尿道口分泌物、前列腺液以及尿液中检查有无滴虫，作出诊断。reiter症候群除尿道炎外，同时有结膜炎和关节炎。