应与贲门失弛缓症、弥漫性食管痉挛、胃食管反流疾病及食管神经症相鉴别。鉴别主要依据食管测压检查。

1、弥漫性食管痉挛：胡桃夹食管与弥漫性食管痉挛同属于原发性食管运动障碍性疾病，并有报道认为本病是弥漫性食管痉挛的先兆，鉴别有一定难度。Benjamin等(1979)研究发现本病高振幅收缩多在食管下段，同时伴有正常的原发性食管蠕动。弥漫性食管痉挛与胡桃夹食管的主要鉴别点。

2、胃食管反流：胃食管反流病人有时也可有食管动力异常，表现为假性胡桃夹食管样表现。Achen等(1993)报道从402例非心源性胸痛病人中查出40例(10%)胡桃夹食管病人，胃镜证实40例胡桃夹食管病人中有糜烂性食管炎1例(2.5%)。对其中20例进行24h食管pH监测，有13例(65%)有异常量的酸反流。测压检查12例(30%)胡桃夹食管病人的胃食管反流。对这12例病人进行大剂量雷尼替丁或奥美拉唑积极抗酸治疗8周后，7例(64%)病人的胡桃夹食管诊断特征消失，2例(33%)食管动力正常。故认为这些病人中所见食管动力异常归因于胃食管反流。主张在用解痉剂治疗非心源性胸痛之前，应首先排除胃食管反流病。

3、贲门失弛缓症：亦可表现为咽下困难、胸骨后痛以及反食。食管钡剂造影见食管极度扩张、延长和迂曲，扩张下段呈鸟嘴样狭窄。食管测压见食管下2/3段不出现蠕动波，高LES压力伴松弛不良或完全失松弛表现。胡桃夹食管特点为食管具有高振幅，可达150～200mmHg，长时间(>60s)的蠕动性收缩，但食管LES功能正常，进餐时可松弛。