组织病理学表现：色素痣多位于虹膜浅基质层，可稍微向前房内隆起。大多数虹膜色素痣为分化良好的小梭形痣细胞组成，或掺杂少许小圆形痣细胞，细胞内含有不同数量的黑色素颗粒。此种形态的色素痣称为梭形细胞色素痣少数虹膜色素痣体积较大，深黑色其主要由大圆形黑色素细胞组成，胞质内含有丰富的黑色素颗粒此类细胞组成的色素痣又称为黑色素细胞瘤或大细胞样痣。梭形痣细胞之间通常黏附比较紧密，不易脱落。但大圆形黑色素细胞之间黏附疏松易发生自发性坏死、脱落或累及虹膜角膜角组织，导致继发性青光眼。

其它辅助检查： 超声生物显微镜检查：有助于与虹膜黑色素瘤相鉴别。虹膜痣UBM表现为虹膜异常隆起，边界清晰但不规则。内反射均匀，部分病例表面呈“脐样”改变或称为“火山口”样改变。病变后界欠清晰，可有轻度的声衰减。