肠激惹综合征以腹痛、腹胀、腹泻及便秘等为主诉，伴有全身性神经官能症状。鉴别诊断时应根据其以哪种症状为主与相应疾病相鉴别。如腹痛为主者应与引起腹痛的疾病鉴别。腹泻为主者应与引起腹泻的疾病鉴别，其中乳糖不耐受症常见且鉴别困难。以便秘为主者应与引起便秘的疾病鉴别，其中习惯性便秘及药物不良反应引起的便秘常见。