常见的病因主要有胚胎期脑发育异常或其母亲妊娠期染疾，难产，产伤，病人出生时窒息，新生儿颅内出血，高热，惊厥，一氧化碳中毒，脑炎，脑膜炎，头颅外伤以及遗传因素等。有时候先天性脑积水变现为脑室扩张，而无脑水肿表现，手术意义不大或无手术指正。因脑室扩张，脑实质受压并发育障碍，会出现智力障碍，并随年龄增大表现加重，青春期较显著。但往往在小时候就有不如同龄人的智力。如近期刚出现的情绪异常及智力下降，应排除精神性疾病或其他与基因相关疾病。