患者有自觉症状和实验室检查发现生殖器有单纯疱疹病毒，即可诊断。

一、病毒培养：自水疱底取标本，女性还可从宫颈部位取材，作组织培养分离病毒，此法敏感，结果特异，为诊断的金标准。但此法所需技术条件高，从接种到作出鉴定所需时间为3～5天。培养的阳性率为60%～90%。因此培养阴性不能除外生殖器疱疹。

二、直接检测病毒抗原：皮损处细胞涂片，用标记的特异抗体作直接免疫荧光检查。也可用免疫过氧化酶法，酶联免疫吸附法(ELISA)等方法。其敏感性可达到培养法的80%。

三、细胞学检查：

(一)Tzanck涂片：从疱的基底印片，以瑞氏或吉姆萨染色找多核巨细胞。HSV及水痘带状疱疹病毒感染时均可出现特征性的多核巨细胞。

(二)Papanicolaou涂片：以窥阴器暴露宫颈后，刮片在宫颈口取材涂片后作巴氏染色，检查多核巨细胞。细胞学检查的敏感性低，为培养法的40%～50%，结果阳性有助于诊断，阴性不能否定诊断。

四、血清学方法检测血清抗体：以HSV-1及HSV-2特异的抗血清进行检测。尤其适于无症状HSV-2携带者的检出。

五、分子生物学方法：检测病毒的DNA常用的有酶链聚合反应(PCR)、原位杂交等，由于技术要求高，目前尚不宜在临床上作检测用。