甲下型甲癣由于其真菌量较少，且常位于甲板的最下部，较难诊断。其他真菌性白甲及甲癣从临床表现结合真菌检查诊断不难。真菌检查包括直接镜检、真菌培养、组织病理检查等。真菌直接镜检简单易行，临床应用普遍。

根据病甲表现：浑浊、增厚、表面凹凸不平、变脆易碎、甲分层、变色、甲板翘起、甲板萎缩、甲板脱落、钩状甲、甲沟炎等有助诊断。