本病病因尚不清楚据研究，与以下几种因素有关。

1、感染：有报道说，本病与急、慢性病毒感染细菌感染如链球菌、结核杆菌感染，引起的自体免疫异常有关比如：据国内有关报道，本病患者中，有三分之一过去患过结核病或者正在患结核病部分病人经过治疗结核后，不仅结核治愈，而且白塞病症状也有好转也有人发现单纯疱疹病毒和溶血链球菌与本病有关。说明细菌病毒感染与本病有关。

2、遗传因素：本病有地区性发病倾向，如多见于地中海沿岸国家。对表明人类遗传特征的物质HLA的研究发现白塞病患者中HLA-B5阳性检出率可达60%以上，HLA-B51的阳性检出率也很高。因此有人提出，这两种HLA类型所代表的遗传特征可能是部分白塞病发病的内因或内环境。因为并非所有白塞病患者均有HLA-B5或HLA-B51阳性Behcet可能与常染色体隐性遗传有关。

3、微量元素：患者病变组织多种微量元素含量增高，如有机氯、有机磷和铜离子也有人发现某些微量元素锌、硒缺乏，可能与本病有关。

4、免疫异常：患者血清中存在抗口腔粘膜抗体、抗动脉壁抗体等自身抗体，血清中免疫复合物阳性率达60%并与病情活动有关，患者免疫球蛋白增高，淋巴细胞比例失调血管周围、脑脊液、血管壁等病损处可见到淋巴细胞免疫球蛋白、补体等与免疫反应有关的物质，说明本病与免疫失调有密切关系。