饮水呛咳是吞咽困难的表现之一，通常不是单一出现，会伴随各种其他症状，通过引起饮水呛咳的各种疾病临床症状加以鉴别。

中枢神经、脑神经疾病(如急性脊髓灰质炎、白喉性神经炎、多发性脑神经炎、脑炎、脑干脑炎等)：首先表现为讲话易疲劳，进尔讲话不清(带鼻音)，吞咽困难先表现为快速进食、饮水时易引起呛咳，液体可自鼻孔反流出，重症晚期病人口常张开、唾液外溢、不能讲话与吞咽。

帕金森病，又称震颤麻痹：50岁以上的人，病情呈慢性进行性加重，具有典型的震颤(常从一侧上肢开始，以手为显著)、强直(从一侧开始，逐渐到对侧和全身)、随意运动减少(精细动作障碍)、咀嚼困难、吞咽呛咳、吞咽困难，面具脸、慌张步态等症状和体征。

重症肌无力：起病缓慢，其特征性症状为活动后疲劳、肌无力，由眼肌、骨骼肌受累，出现咀嚼、进食和咽下困难、饮水呛咳、闭目无力，表现为经休息后恢复或缓解，故“晨轻暮重”逐渐加重，晚期虽经休息，亦不能缓解，甚至侵犯呼吸肌而出现呼吸困难。

食管异物：因进食匆忙或未竟充分咀嚼而咽下的鱼刺、肉骨、鸡鸭骨，老人假牙脱落误吞，小儿将口含小玩具误吞等意外，引起吞咽困难(病情轻者尚可进食半流质，重者或合并感染者甚至发生饮水困难)伴有吞咽疼痛甚至呼吸压迫症状。