采样后，经过涂片、染色进行显微镜检查。本法简便、报告迅速、无须特殊药品和器材等。一般采用最常用的革兰(Gram)氏染色法，可报告革兰氏阳、阴性球菌或杆菌，如能密切结合临床资料，仍有一定诊断参考价值。

(1)咽壁涂片：疑有咽白喉时，如涂片检出白喉棒状杆菌对诊断意义很大。咽、喉结核有时涂片(用抗酸染色法)或可发现结核分枝杆菌。在发生坏疽性口炎时，涂片检到梭形杆菌亦有助于诊断。

(2)鼻分泌物涂片：鼻白喉或疑为瘤型麻风伴有鼻粘膜损害时，从鼻粘膜取粘液涂片，前者可找到白喉棒状杆菌，而后者或可发现麻风杆菌。

(3)脓液涂片：以脓液作涂片或培养，找到致病菌，有助于分析细菌的致病作用和选择抗菌药物。常见的化脓性细菌有葡萄球菌、链球菌、肺炎链球菌、大肠杆菌和绿脓杆菌等。

(4)皮肤采得组织液涂片：疑似流行性脑脊髓膜炎者，在皮肤淤斑划痕，取渗出组织液涂片，找脑膜炎奈瑟菌。高度疑似麻风病人，可选择最活动的皮肤损害，用刀划到真皮，刮取组织液涂片，如能查到麻风杆菌则有助诊断。

(5)胸腔、心包腔、腹腔和关节囊液涂片：在病理情况下，常可检到致病菌，最常见的如革兰氏阳性球菌和阴性杆菌。疑为结核性胸膜炎时，取胸水涂片或可找到结核分枝杆菌。

(6)痰涂片：如遇咯血病人，弄不清是患支气管扩张还是肺结核时，作一痰液涂片，查找结核分枝杆菌，有鉴别诊断意义。

(7)尿沉渣涂片：可留中段尿标本，置于无菌容器内，及时检查。在膀胱炎、肾盂肾炎等疾患时，取沉渣涂片常可见革兰氏阳性球菌或阴性杆菌。疑是结核分枝杆菌感染对，可留24小时尿标本，取其沉渣涂片或可找到结核分枝杆菌。

(8)脑脊液涂片：取脑脊液涂片镜检发现致病菌，对临床诊断价值较大。常见的致病菌有脑膜炎奈瑟菌、结核分枝杆菌，革兰氏阳性球菌或阴性杆菌以及新型隐球菌等。

(9)粪便涂片：在伪膜肠炎时，作粪便涂片，染色检查，如发现大量革兰氏阳性球菌，而革兰氏阴性杆菌明显减少或消失，可作早期诊断的参考。在肠道真菌感染时，以白色念珠菌感染最为多见，粪便涂片镜检可找到酵母样芽生孢子和假菌丝。

(10)阴道分泌物涂片：若有霉菌性阴道炎时，刮取分泌物少许，涂片、染色、镜检找霉菌菌丝、孢子，最可靠方法是进行念珠菌培养。疑是淋病奈瑟菌所致白带增多，应取宫颈或前庭大腺分泌物涂片、染色、镜检，如找到细胞内革兰氏阴性双球菌，很有诊断意义。