本病的病因尚未完全明确，可能和以下因素有关：

1、遗传易感性 本病在同一家族中发病率高，在不同种族间的发病率也不一致，在犹太人中发病率明显高于其他种族，提示其发生可能和遗传因素有关，但是发现Crohn病有特异性的组织相容性抗原出现。

2、细菌、真菌及病毒感染可能和Crohn病的发病有关，但到目前尚没有直接的证据。

3、免疫因素。