引起畸形精子症的原因有泌尿生殖道感染、腮腺炎并发的睾丸炎、附睾结核、精索静脉曲张等等，这些病均可影响精子的质量，使用激素或某些化学药物，如抗癌药、利血平、马利兰、呋喃类等，可使精子发育不成熟，生殖腺受到放射线照射，可引起精子的突变，阴囊局部长期高热、长期酗酒，均可使精子发生畸变。