乙醇对胚胎的毒性作用主要有3个方面：

(1)在妊娠中期和晚期，限制胎儿全身各组织尤其是脑组织细胞的分裂、移行和功能，出现胎儿生长迟缓和FAE。

(2)对早期胚胎细胞核蛋白的直接毒性损害，可致不孕和自发性流产。

(3)在人类妊娠前3个月，影响细胞的代谢、分化和增殖，干扰胎儿器官的发生和形成，造成多器官系统结构、形态异常，出现FAS各种类型的畸形。

(4)大量嗜酒母亲的胎盘有超微结构的变化，可能间接影响了胎儿，使胎儿发育不良或畸形。此外，胎儿酒精综合征还可能与酒精氧化的代谢产物乙醛对细胞的毒性作用，导致胎儿神经细胞发育障碍有关。