症状和体征的出现与否取决于是否存在潜在疾病及病变性质、钙化的部位及范围。生理性颅内钙化通常无症状，多在行影像学检查时无意中被发现。病理性颅内钙化的临床表现决定于原发病的性质(脑肿瘤、血管性异常、炎性病变及代谢异常等)。基底节钙化(特发性或继发性)通常是无症状性，但有些患者可能出现异常运动(舞蹈症、手足徐动症、肌张力障碍等)和帕金森样症状(肌强直、运动减少等);小脑钙化患者可出现小脑征;在某些患者中，还可出现认知功能障碍。对原发疾病的治疗有时可使颅内钙化减轻或消失。