腭裂早期的治疗包括使用特殊的腭裂奶瓶或齿科材料来封闭裂隙，这样患儿就可以生存，.应用喂养器(如塑料瓶)，使病损部位承受轻度压力下，实施对婴儿的喂养。最终的治疗是外科整形。然而，外科手术可以明显地改善这些畸形，但如果治疗不恰当就可以引起鼻音，出现脸中部缺陷所致的外貌受累以及反流的倾向。牙科，颌面外科，精神病学以及语言的训练等综合治疗可能是必需的。