(一)原发性：认为是全身疾病的一种局部表现，可能与缺乏脂类及脂溶性维生素，或与营养障碍、微量元素缺乏或不平衡、遗传因素、胶原性疾病等有关。亦可能与内分泌失调有一定关系，因多发于女青年，并在月经期症状加重。近年来随着免疫学的发展，发现本病患者大多有免疫功能紊乱，故有人认为，本病可能是一种免疫性疾病。

(二)继发性：由局部因素引起，如鼻腔粘膜受到外伤或手术切除过多，或因患特殊传染病如结核、硬结病、麻风、梅毒等所致。慢性肥厚性鼻炎的晚期，或慢性化脓性鼻窦炎的长期脓涕刺激，发生纤维结缔组织过度增殖，致使鼻粘膜的血行受阻、营养障碍而致萎缩。鼻中隔极度偏曲，一侧鼻腔宽大，增强的气流的刺激，或因粉尘或有害气体的长期刺激也可致病。曾有人提出本病是由于特殊细菌的感染，如臭鼻杆菌或类白喉杆菌感染。现认为这些细菌不是真正的病原菌，仅为萎缩性鼻炎的继发感染。

病理早期粘膜仅呈慢性炎症的改变，继而发展为进行性萎缩。粘膜与骨部血管逐渐发生闭塞性动脉内膜炎和海绵状静脉丛炎，血管壁结缔组织增生肥厚，管腔缩小或闭塞，血液循环不良，导致粘膜、腺体、骨膜及骨质萎缩、纤维化，粘膜的假复层纤毛柱状上皮逐渐转化为复层鳞状上皮。甚至蝶腭神经节亦可发生纤维变性。