藏毛性疾病在窦道发生感染之前很少出现症状。典型病例是在尾部中线有细小凹坑但无任何感觉。凹坑有细孔，有的用泪囊探子也难以探入。这是原发窦道，距肛门5～6cm。感染后局部形成表浅脓肿，自行破溃或手术切开后流出脓液。脓肿排放稀薄脓液数日后渐愈，遗留一硬结。再次细菌感染可以出现另一脓肿。

藏毛窦发生癌变者，若有转移则预后不佳，文献报道5年生存率为51%。复发率占50%。在初诊时发现腹股沟淋巴结有转移占14%。