胃肠功能不良的鉴别诊断需与以下症状相互鉴别：

胃肠扩张与脱肛：脱肛，或称直肠脱垂，指肛管直肠外翻而脱垂于肛门外。胃肠扩张与脱肛可见于弹性假黄瘤病部分患者。

胃肠气胀：　胃肠气胀是由于多种原因引起的胃肠道不通畅或梗阻，胃肠道的气体不能随胃肠蠕动排出体外面积聚于胃肠道内称胃肠气胀。胃肠气胀可以是功能性的，也可以是器质性的。如肠道易激综合征、糖尿病引起的胃轻瘫使胃肠道气胀为功能性气胀。幽门梗阻、肠梗阻引起者多为器质性气胀。常和便秘同时存在。

根据临床表现，首先要谨慎地除外其他器质性疾病。患者曾有精神创伤史，而且多以情绪波动为发病诱因，起病缓慢，病程较长。其主要症状可表现为以下几方面：①胃功能失调症状，如神经性呕吐也称心理性呕吐，一般在进餐时或结束后发生呕吐，其呕吐并不费力，呕吐量不大，吐后即可进食，不影响食欲和食量，多数患者不伴消瘦等营养障碍。神经性暖气，表现为反复发作的连续性暖气，患者企图通过暖气来缓解腹部不适和饱胀感，此症有瘪病色彩，有人在场时发作或加重。神经性厌食，厌食伴体重明显下降，甚者可见贫血及内分泌失调。并伴有胃胺灼热不适或疼痛，喀杂吞酸，以及恶心、食后饱胀。⑨肠功能失调症状，如腹痛、腹泻、肠鸣，泻后痛减，或腹泻与便秘交替出现。③神经官能症表现，头痛、失眠多梦，健忘，注意力不集中，心悸胸闷，盗汗，倦怠乏力等症状④病情常随情绪变化而波动，疲状可因精神治疗如暗示疗法而暂时缓解。

体检及辅助检查一般无器质性病变的证据和阳性体征。