咽部肌肉运动障碍的病因常见于各种原因引起的延髓病变，如肿瘤、出血或血栓形成、炎性病变、脊髓空洞症、梅毒等。或是由于舌咽神经损伤，导致咽部肌肉不能正常进行运动，也可导致患者出现咽部功能性运动障碍。若长期服用抗精神病药或抗抑郁类药物或突然停用抗精神病类药物，也可导致咽部肌肉运动障碍。