至今病因尚未完全阐明，可能有以下几种因素：先天性缺陷，在有些病人，可能因间叶组织发育障碍，造成鞍膈发育不良，鞍膈的孔(即漏斗孔)较大(一般直径大于 5mm)，未被垂体柄及有关结构完全充满而致空鞍。亦有一例Kallmann综合症伴发空鞍的报道，或于女性可能因妊娠时垂体增大，产后缩小所至致的空鞍。