目前并不知道其真正的致病原因，不过多数文献认为此病有遗传倾向(常见于鱼鳞癣患者)，且好发于有过敏性或异位性体质者、或营养不良者(特别是维生素A缺乏的人);若加上环境的湿度低、空气干燥，以及焦油、油脂等某些刺激物，也可能导致较常出现。

毛孔角化是一种先天基因导致的体质。有专家表示，具有这种体质的人，毛囊周围的角质会增厚，导致毛囊口被过厚的角质堵塞，造成一粒粒的小凸起。一些具有异位性皮肤炎、鱼鳞癣的患者，通常也患有毛孔角化症。冬天时的症状会更为严重，因为和毛孔角化与角质变厚有关，所以当气候较干燥寒冷时，角质增厚的情形会加重，也就使症状变得更加明显。除了先天体质因素外，也有报告指出与维生素A缺乏有关。缺乏维生素A会引起全身性的干燥，而干燥就加剧了毛孔角化的症状。