色素沉着的原因归纳起来大致有：

遗传因素：代表性疾病有雀斑、脂溢性角化病、神经皮肤黑变病、色素沉着肠息 肉综合征，此组疾病的色素沉着均为局限性。

内分泌因素：阿狄森氏病、某些垂体肿瘤、较长期接受雌激素治疗、妊娠和黄褐斑等。

代谢性因素：肝豆状核变性、血色病等，色素沉着多为全身性弥漫性，无明显界限。

营养不良：恶性营养不良，糙皮病、维生素B12缺乏等。

化学及药物因素：某些抗肿瘤及抗免疫药物、抗疟疾药物、焦油、沥青、蒽油及其 它碳氢化合物。

物理因素：机械外伤，紫外线，某些放射线，慢性瘙痒搔抓及摩擦等。

炎症及传染病：皮肤慢性炎症等。某些肿瘤。

其他因素。　　

皮肤萎缩是因为肥胖，妊娠，水肿，肿瘤，自身免疫等原因。　　

同时出现皮肤萎缩和色素沉着最常见的原因是系统性红斑狼疮。