本症应与伤寒、粟粒型结核、变应性亚败血症、风湿病、红斑狼疮、某些病毒感染、布氏杆菌病、淋巴瘤、恶性组织细胞病等相鉴别。

1、感染中毒症状：

大多起病急骤，先有畏寒或寒战，继之高热，热型不定，弛张热或稽留热。体弱、重症营养不良和小婴儿可无发热，甚至体温低于正常。精神萎靡或烦躁不安，严重者可出现面色苍白或青灰，神志不清。四肢末梢厥冷，呼吸急促，心率加快，血压下降，婴幼儿还可出现黄疸。

2、皮肤损伤：

部分患儿可见各种皮肤损伤，以瘀点、瘀斑、猩红热样皮疹、尊麻疹样皮疹常见。皮疹常见于四肢、躯干皮肤或口腔粘膜等处。脑膜炎双球菌败血症可见大小不等的瘀点或瘀斑。猩红热样皮疹常见于链球菌、金黄色葡萄球菌败血症。

3、胃肠道症状：常有呕吐、腹泻、腹痛，甚至呕血、便血;严重者可出现中毒性肠麻痹或脱水、酸中毒。

4、关节症状：部分患儿可有关节肿痛、活动障碍或关节腔积液，多见于大关节。

5、肝脾肿大：以婴、幼儿多见，轻度或中度肿大;部分患儿可并发中毒性肝炎。金葡菌迁徙性损害引起肝脏脓肿时，肝脏压痛明显。

6、其他症状：重症患儿常伴有心肌炎、心力衰竭、意识模糊、嗜睡、昏迷、少尿或无尿等实质器官受累症状。金黄色葡萄球菌败血症常见多处迁徙性病灶。革兰阴性菌败血症常并发休克和DIC。 瘀点、瘀斑、脓液、脑脊液、胸腹水等亦可直接涂片、镜检找细菌。血培养或骨髓培养可阳性。