阴茎疼痛主要指阴茎表皮或内部疼痛。有些男性在第一次性交后会感到阴茎疼痛，这时不必害怕，这可能是阴茎在勃起后大量充血而回血功能比较弱，造成性交后阴茎短时间内胀痛，一般1～3个小时后可以消失。新婚初夜时若多次性生活，也会出现这种情况，以后适度控制性生活频率就可以了。在未割除包皮的男性身上，容易发生包皮内的感染(即龟头炎)，这也会使阴茎肿大和疼痛。