首先以溃疡愈合时间来区分。良性口腔溃疡一般数天至数周可以愈合，而恶性口腔溃疡则呈进行性发展，数月甚至年余不愈合。其次可以形态区分。良性口腔溃疡一般形态比较规则，圆、椭圆或呈线条形，边缘整齐，清楚，与周围组织分界清，凹陷的基底部较平滑，摸上去柔软，疼痛明显。而恶性口腔溃疡形态多不规则，边界不清，边缘隆起呈凹凸不平状，溃疡底部不平，呈颗粒状，触之质硬韧，明显区别于正常粘膜，溃疡疼痛反而不甚明显。第三可以病程规律区分。良性口腔溃疡常常反复发生，有自限性，恶性口腔溃疡却无复发史，一旦发病，就迟迟不愈合。