胆汁性肝硬化的鉴别诊断包括梗阻性黄疸，如胆总管结石、胆总管瘤、胰头及胆管狭窄等，主要鉴别方法为胆道造影。应与下列疾病鉴别：

1、慢性活动性肝炎

凡抗线粒体抗体阳性，伴有胆淤及组织学上有胆管异常者，应首先除外慢性活动性肝炎，中国慢性活动性肝炎胆淤型较原发性胆汁性肝硬化多见，短期皮质激素治疗的效果观察有助于鉴别。

2、硬化性胆管炎

此病少见，主要累及大胆管，上述免疫标记物阴性，且多有细菌感染性发热，胆管系统造影可帮助鉴别。

3、药物引起的黄疸

如氯丙嗪、甲基睾丸酮、磺胺、砷制剂等。多由个体过敏引起，有服药史，在服药后数周之内发病，黄疸可持续数年，常伴血嗜酸细胞增高，肝活检没有典型的原发性胆汁性肝硬化组织学表现。