临床上应注意与流感、普通感冒、细菌性肺炎、传染性非典型性肺炎(SARS)、传染性单核细胞增多症、巨细胞病毒感染、衣原体肺炎、支原体肺炎等疾病进行鉴别诊断。

1、普通感冒：多种病毒引起，多为散发，起病较慢，上呼吸道症状明显，全身症状较轻。感冒俗称伤风，又称急性鼻炎或上呼吸道卡他，是以鼻咽部卡他症状为主要表现。成人多为鼻病毒引起，次为副流感病毒、呼吸道合胞病毒、埃可病毒、柯萨奇病毒等。

起病较急，初期有咽干、咽痒或烧灼感，发病同时或数小时后，可有喷嚏、鼻塞、流清水样鼻涕，2~3天后变稠。可伴咽痛，有时由于耳咽管炎使听力减退，也可出现流泪、味觉迟钝、呼吸不畅、声嘶、少量咳嗽等。一般无发热及全身症状，或仅有低热、不适、轻度畏寒和头痛。检查可见鼻黏膜充血、水肿、有分泌物，咽部轻度充血。如无并发症，一般5~7天痊愈。

2、流感伤寒型钩体病：夏秋季多发，有疫水接触史，临床除发热外，腓肠肌压痛，腹股沟淋巴结肿大、压痛，实验室检查可通过显凝实验检测抗体，若抗体效价为1：400以上增高，考虑该病，通过血培养可诊断。

3、链球菌性咽炎：该病咽部红肿，扁桃体肿大，有脓性分泌物，颌下淋巴结肿大，WBC 中性粒细胞增高，血培养( )。

4、其它病毒性呼吸道感染：如副流感病毒、腺病毒感染 要通过病原学检查来区别。

5、支原体肺炎：也要通过病原学检查来区别。