当真菌侵犯人体后，医生将按它们对人体的侵犯部位来划分，因此真菌可分为浅部真菌和深部真菌两大类。浅部真菌主要会引起皮肤粘膜等浅表感染;深部真菌则可侵犯全身器官和组织，如严重败血症、心内膜炎、脑膜炎等致死性疾患。引起这些疾病的真菌有白色念珠菌、新型隐球菌、热带念珠菌等。

异常结果真菌检查方法常采用直接检查(包括不染色直接涂片镜检、负染色法、革兰氏染色法、荧光染色法)和真菌培养。异常结果如下：

1、涂片找到真菌菌丝和孢子。

2、检出新型隐球菌，可见于亚急性或慢性脑膜炎或肺部感染，也可侵犯皮肤、皮下组织、肌肉、淋巴结及肠道等处，由肺经血行播散时可侵犯所有脏器组织。不管发生哪类隐球菌感染，最后中枢神经系统终将受染。

3、检出真菌(包括深部真菌和浅部真菌)。

深部真菌指侵犯表皮以外的组织和器官的病原真菌、条件致病真菌，包括隐球菌属、念珠菌、申克孢子丝菌、暗色孢科真菌、曲霉菌、毛霉菌。

浅部真菌指寄生或腐生在表皮、毛发、甲板等部位的真菌所引起的浅部真菌病，称为癣，包括毛癣菌属、小孢子菌属和表皮癣菌属。

需要检查的人群有疑似真菌感染症状的患者。