组织或器官移植配型选择HLA适合的供体。

各抗原出现在不同的疾病中

急性淋巴细胞白血病存活者中A2抗原频率升高;支气管癌存活者中AW19和B5抗原频率升高;这些被看做免疫反应抗原，即决定某个体罹患疾病后免疫反应能力。

我国鼻咽癌与BW46抗原有显著关联，有BW46者预后较差。

先天性肾上腺增生病由于2l-羟化酶缺失，这缺陷酶基因与HLA单倍型处于不平衡。

银屑病只有寻常型与DR4有关。

胰岛素依赖型糖尿病与DR3和DR4有关。

麻风病只有结核样型与B8、Bl7、DR2有关。

结核病与BW35关联。

系统性红斑狼疮与DR2、DR3关联。

重症肌无力与DR4关联。

慢性活动性肝炎与DW3、B8有关。

类风湿性关节炎在DW4。

多发性硬化症在DW2，B7人发病率明显增高。

B27抗原在强直性关节炎患者的频率为91%，而正常人中仅6.6%，对诊断具有一定价值。

此外，法医对亲子鉴定，当红细胞ABO血型系统检查不能确定时，HLA抗原检查非常需要。