先天性缺牙发生在牙齿发生的早期，即牙蕾形成期。其产生可有不同的原因：

1、胚胎期牙板发育受到物理障碍或者牙板断裂。例如，口-面-指(趾)综合征，下切牙区被增殖的系带所覆盖而对牙板产生机械性干扰。

2、空间受限，产生压力，使牙胚得不到最低限度的营养而退化，特别是第三磨牙。

3、造成上皮组织功能缺陷和/或其下方的间充质诱导失败。