1、细菌：以大肠埃希杆菌较为常见，致病性大肠埃希埃希杆菌(EPEC)、产毒性大肠埃希杆菌(ETEC)和出血性大肠埃希杆菌(EHEC)都曾发生过新生儿流行性腹泻，尤以EPEC是常见的病因，流行性强?有时可引起整个病区婴儿腹泻的流行甚至传至院外引起整个地区婴儿的流行。流行开始的第1例多来自孕母分娩前后的腹泻，或宫颈存在大肠埃希杆菌新生儿在分娩过程中得到感染。

2、病毒：轮状病毒是引起新生儿流行性腹泻的最常见病原之一主要经粪口途径传播，健康成人可作为带毒者，已感染的新生儿也是重要感染原。轮状病毒在环境中较稳定，不易自然灭活可通过护理人员传播。也有报道轮状病毒可经过呼吸道、胎盘传播。但大便中找到轮状病毒，不可即认为是腹泻的病原，因正常大便中也可找到该病毒。?在流行中如大部分患儿大便中轮状病毒的核苷酸或基因构形相同方可认为是流行的病因。柯萨奇病毒、埃可病毒、肠道腺病毒等也可引起新生儿流行性腹泻。　　

3、真菌：长时间使用抗生素可继发真菌感染扁鹊网，以白色念珠菌较多见。

4、寄生虫：滴虫、梨形鞭毛虫隐形孢子虫等也可引起新生儿流行性腹泻。