新生儿流行性腹泻的预防主要是消毒隔离和治疗患者，以切断感染源。一旦发现新生儿腹泻就应立即隔离患儿和其父母并积极治疗患者。　　

如发现流行已难避免，立即将直接或间接接触过的婴儿集中在一个病房，每天做大便培养严密观察腹泻的发生。对大便培养阳性者再另集中隔离。有作者认为凡大便培养阳性者，不论有无腹泻都给予抗生素预防疗程5天但也有反对药物预防，因为药物预防后带菌率更高症状可能推迟出现，有时还可能使症状反复发作，延长流行时间。