原因是多方面的，可由系统病引起，如贫血、糖尿病、肝病、硬皮病、营养不良、维生素缺乏、慢性酒精中毒、肿瘤等。局部性因素如牙齿锐利边缘、不良修复体、长期伸吐舌自检、微生物感染、以及牙膏、药物等刺激因素。另外为神经精神因素，如三叉神经舌支，以及舌咽神经痛引起的。

导致舌痛症的可能因素有许多。全身状况不适，如内分泌、代谢紊乱、维生素B族的缺乏等原因，特别是更年期妇女常诉有无规律的舌痛，并伴有全身其他部位的不适。当患者怀疑自己咽部有“肿瘤”时，或在某些情况下看到自己红肿肥大的叶状乳头、轮廓乳头时，产生恐惧心理，继而感到舌部不适或疼痛，为仔细观察病情而频繁作伸舌、张口活动，使舌根部肌肉疲劳、不适，从而加重舌的不适感。由于局部的刺激，如尖锐的牙尖，不合适的托牙基板等;或口内同侧两种不同的金属修复体，上下颌相对时产生的微弱电流刺激，也可能引起轻度舌痛。